Adiunkt (badawczo-dydaktyczny)

Opis

Dyrektor Centrum Nowych Technologii Uniwersytetu Warszawskiego za zgodą Rektora Uniwersytetu Warszawskiego, ogłasza konkurs na stanowisko stażysty podoktorskiego (adiunkta) w grupie pracowników badawczych w Laboratorium Genomiki Funkcjonalnej i Strukturalnej Centrum Nowych Technologii Uniwersytetu Warszawskiego. OGŁOSZENIE O KONKURSIE Stanowisko: Stażysta podoktorski (adiunkt) (wszystkie męskoosobowe formy czasowników w ogłoszeniu odnoszą się do przedstawicieli wszystkich płci) Profil Stanowiska Stosowany przez Radę Europejską Laboratorium: Laboratorium Genomiki Funkcjonalnej i Strukturalnej Dyscyplina naukowa: Biologia

Oferujemy

• Pracę w interdyscyplinarnym zespole badawczym łączącym biologię molekularną, genomikę, bioinformatykę i analizę danych.

• Udział w nowatorskim projekcie dotyczącym epigenetyki i przestrzennej organizacji genomu.

• Pracę z wykorzystaniem nowoczesnych technologii mapowania genomu.

• Dostęp do unikalnych danych multiomicznych oraz infrastruktury obliczeniowej do ich analizy.

• Możliwość rozwijania własnych koncepcji badawczych i narzędzi bioinformatycznych.

• Możliwość udziału w konferencjach, szkoleniach, warsztatach oraz zagranicznych stażach i wizytach naukowych.

• partnerami naukowymi.

• Możliwość dalszego rozwoju kariery naukowej i budowania samodzielności badawczej.

• Prosimy o zapoznanie się z możliwościami rozwoju zawodowego w Uniwersytecie Warszawskim.

• Forma nadsyłania zgłoszeń:

• Mailowo na adres: careers@cent.uw.edu.pl z numerem konkursu ‘CeNT35 2026ʼ w tytule maila

• Employment contract Part-time/full-time: Full time

• Number of job offers: 1

• Remuneration amount/month

• 12 000 PLN gross gross 13-salary (additional annual remuneration) and seniority allowance included), you will find more info here.

• Position starts on: 01.10.2026 or as soon as possible after the date

• Maximum period of contract/stipend agreement:

• 24 months with a possible prolongation up to maximum 36 months

• Institution: Centre of New Technologies, University of Warsaw

• Project leader: dr inż. Joanna Borkowska

• Project title:

• The role of TET1 protein in shaping the three-dimensional organization of chromatin and maintaining genome stability.

• Programme: Sonata 21

• Financing institution: National Science Centre.

• Project description: (max 800 characters, including spaces)

• The spatial organisation of chromatin within the cell nucleus is crucial for the regulation of gene expression, DNA replication, and genome stability. One of the major epigenetic mechanisms influencing 3D genome architecture is DNA methylation, which is regulated, among others, by TET enzymes. Altered TET1 activity has been observed in many cancers, but its consequences remain poorly understood. Our preliminary results indicate that TET1 colocalises with CTCF, is present within chromatin loops, and is enriched at sites of DNA double-strand breaks. The aim of the project is to investigate the role of TET1 in the spatial organisation of chromatin and genomic instability in healthy and cancer cells.

• The project will use TET1 knockout, catalytically inactive, and overexpression models.

• Key responsibilities include:

• Analysis of raw NGS data, including HiChIP, ChIP-seq,

• CUT&RUN, and IBLESS.

• Analysis of Oxford Nanopore Technologies ONT data, including DNA methylation and hydroxymethylation profiles.

• Identification and characterisation of differences between the studied experimental systems

• Statistical analysis of results and assessment of the significance of observed differences.

• Integration and analysis of multi-omics data.

• Visualisation of genomic data and preparation of figures for publications and presentations.

• Characterisation of epigenetic states and analysis of their relationship with the three-dimensional organisation of the genome.

• Interpretation of results in a biological and mechanistic context.

• Preparation of scientific manuscripts and contribution to the publication of research findings.

• Participation in the preparation of grant applications and other scientific documents.

• The position offered will not be related to activities covered by the protection of minors.

• Profile of candidates/requirements:

• The competition is open to persons who meet the conditions specified in:

• Article 113 of the Act of 20 July 2018 Law on higher education and science Jour nal of Laws of 2024, item 1571 with amendments) and the Statutes of the University of Warsaw;

• Article 119 of the Statutes of the University of Warsaw;

• Regulations on the allocation of resources for the implementation of tasks financed by the National Centre of Science for SONATA 21 grant

• During the interview, the candidate presents a plan for further research activities and international experience.

• The opportunity to work in an interdisciplinary research team combining molecular biology, genomics, bioinformatics, and data analysis.

• Participation in an innovative project focused on epigenetics and the spatial organisation of the genome.

• The opportunity to work with state-of-the-art genome-mapping technologies.

• Access to unique multi-omics datasets and computational infrastructure for their analysis.

Wymagania

• Stopień doktora w dziedzinie matematyki, bioinformatyki, biologii obliczeniowej, informatyki, biostatystyki lub dziedzin pokrewnych.

• określonego uchwałą Rady NCN nr 79/2021 z dnia 9 września 2021 r.

• Doświadczenie w analizie danych wysokoprzepustowych, w szczególności danych NGS.

• doświadczenie w analizie danych Hi-C, HiChIP.

• Bardzo dobra znajomość co najmniej jednego języka programowania wykorzystywanego w analizie danych, np. Python lub R.

• narzędziami command-line.

• Znajomość metod statystycznych i umiejętność ich praktycznego zastosowania do analizy danych biologicznych.

• Doświadczenie w analizie danych genomowych, epigenomicznych lub transkryptomicznych.

• Umiejętność integracji danych pochodzących z różnych technologii i platform pomiarowych.

• Umiejętność tworzenia czytelnych wizualizacji danych i przygotowywania figur publikacyjnych.

• Samodzielność w prowadzeniu analiz, rozwiązywaniu problemów i interpretacji wyników.

• Umiejętność pracy zespołowej oraz współpracy z osobami prowadzącymi eksperymenty laboratoryjne.

• Bardzo dobra znajomość języka angielskiego w mowie i piśmie.

• Dorobek publikacyjny potwierdzający doświadczenie badawcze.

• Dodatkowym atutem będzie:

• doświadczenie w analizie danych ChIP-seq, CUT&RUN,

• ATAC-seq, IBLESS lub ONT.

• znajomość metod analizy struktury 3D genomu;

• doświadczenie w analizach multiomicznych;

• doświadczenie w pracy z klastrami HPC, systemami kolejkowymi i workflow managers, np. Slurm, Nextflow lub Snakemake;

• doświadczenie w rozwijaniu własnych narzędzi bioinformatycznych lub pipelineʼów analitycznych.

• Kandydat powinien posiadać stopień doktora nie dłużej niż 12 lat przed dniem podpisania umowy o pracę w projekcie.

• Stopień doktora powinien być uzyskany w państwach UE, EFTA,

• OECD lub nostryfikowany najpóźniej na dzień zatrudnienia w projekcie.

• osiągnięcia naukowe, w tym publikacje w renomowanych wydawnictwach/czasopismach naukowych;

• Chyba, że kandydat spełnia wymagania opisane w art. 116 ust. 2a Ustawy z dnia 20 lipca 2018 r. Prawo o szkolnictwie wyższym i nauce

• (Dz. U. z 2024 r. poz. 1571. Z późn. zm.)

• kompetencje „ miękkieˮ (komunikatywność, umiejętność pracy w zespole, odporność na stres);

• wyróżnienia wynikające z prowadzenia badań naukowych, stypendia, nagrody oraz doświadczenie naukowe zdobyte poza macierzystą jednostką naukową w kraju lub za granicą, warsztaty i szkolenia naukowe, udział w projektach badawczych;

• kompetencje do realizacji określonych zadań w projekcie badawczym;

• A PhD degree in mathematics, bioinformatics, computational biology, computer science, biostatistics, or a related field.

• Experience in the analysis of high-throughput data, particularly next-generation sequencing data.

• Experience in the analysis of Hi-C and HiChIP data.

• Regulations on the mode of granting financial resources for the completion of tasks funded by the National Science Centre as regards research projects, as stipulated by resolution of the NCN Council No. 72/2025 of 11 September 2025.

• Very good knowledge of at least one programming language used in data analysis, such as Python or R.

• Experience working in a Linux environment and using command-line tools.

• Knowledge of statistical methods and the ability to apply them to biological data analysis.

• Experience in the analysis of genomic, epigenomic, or transcriptomic data.

• Ability to integrate data generated using different technologies and experimental platforms.

• Ability to create clear data visualisations and publication-quality figures.

• Ability to work independently, solve analytical problems, and interpret results.

• Ability to work effectively as part of a team and collaborate with researchers conducting laboratory experiments.

• Very good command of written and spoken English.

• A publication record demonstrating research experience.

• Additional assets

• Experience in the analysis of ChIP-seq, CUT&RUN,

• ATAC-seq, IBLESS, or Oxford Nanopore Technologies data.

• Knowledge of methods used to analyse 3D genome organisation.

• Experience in multi-omics data analysis.

• Experience working with HPC clusters, job scheduling systems, and workflow managers such as Slurm, pipelines.

Proces rekrutacji

• 01.10.2026 lub najszybciej jak to możliwe po tej dacie Maksymalny okres zatrudnienia/umowy stypendialnej:

• 24 miesiące z możliwością przedłużenia maksymalnie do 36 miesięcy

• Jednostka UW Centrum Nowych Technologii

• Kierownik projektu: dr inż. Joanna Borkowska

• Tytuł projektu:

• Rola białka TET1 w kształtowaniu trójwymiarowej organizacji chromatyny oraz utrzymaniu stabilności genomu.

• Typ konkursu: Sonata 21

• Opis projektu: (max 800 znaków ze spacjami)

• Przestrzenna organizacja chromatyny w jądrze komórkowym ma kluczowe znaczenie dla regulacji ekspresji genów, replikacji

• DNA i stabilności genomu. Jednym z głównych mechanizmów epigenetycznych wpływających na architekturę 3D genomu jest metylacja DNA, regulowana m.in. przez enzymy TET.

• Zaburzenia aktywności TET1 są obserwowane w wielu nowotworach, jednak ich konsekwencje pozostają słabo poznane. Nasze wstępne wyniki wskazują, że TET1 kolokalizuje z CTCF, występuje w obrębie pętli chromatynowych oraz w miejscach dwuniciowych pęknięć DNA. Celem projektu jest zbadanie roli TET1 w organizacji przestrzennej chromatyny i niestabilności genomowej w komórkach zdrowych i nowotworowych. Projekt przewiduje użycie modele z nokautem, mutacją katalityczną i nadekspresją TET1.

• Przyjmowanie aplikacji,

• Wyłonienie aplikacji spełniających warunki formalne,

• Wstępna ocena - wyłonienie osób do rozmowy kwalifikacyjnej,

• Rozmowa kwalifikacyjna,

• Ostateczna ocena i rozstrzygnięcie konkursu.

• List motywacyjny zawierający plan dalszej działalności badawczej.

• Aktualny życiorys.

• Kopia dyplomu doktorskiego lub innego dokumentu potwierdzającego, że kandydat uzyska stopień doktora najpóźniej na dzień zatrudnienia w projekcie.

• Kontakt do 2 osób mogących wystawić rekomendacje.

• Lista publikacji naukowych autorstwa lub współautorstwa kandydata.

• Prosimy o zapoznanie się z następującymi dokumentami:

• Polityką otwartą, przejrzystą i opartą na osiągnięciach rekrutacji na UW,

• Procedurą zgłoszeń wewnętrznych,

• Par. 126 Statutu UW Uchwała nr 443 z 26 czerwca

• Zarządzeniem nr 27 Rektora UW z 27.02.2025 r.

• informacją o przetwarzaniu danych osobowych

• 10.09.2026 Termin ogłoszenia wyników konkursu: 17.09.2026

• Sposób informowania o wynikach konkursu: mailowo; strona internetowa CeNTu

• Konkurs jest pierwszym etapem określonej w Statucie UW procedury zatrudniania na stanowisku nauczyciela akademickiego, a jego pozytywne rozstrzygnięcie stanowi podstawę do dalszego postępowania. Po dokonaniu wstępnej analizy nadesłanych zgłoszeń, skontaktujemy się z wybranymi kandydatami celem przeprowadzenia dalszych etapów procedury rekrutacyjnej.

• Ogłoszenie jest skierowane do osób wszystkich płci a osoby z niepełnosprawnością lub szczególnymi potrzebami mogą zgłosić potrzeby związane z zapewnieniem dostępności w procesie rekrutacji.

• CeNT352026

• Director of Centre of New Technologies of the University of Warsaw, with the approval from the Rector of the University of Warsaw, announces opening of the position of Postdoc

• Assistant professor) in the group of researchers in the Laboratory of Structural and

• Functional Genomics– Centre of New Technologies of the University of Warsaw.

• JOB OFFER

• Position in the project: Postdoc Assistant professor)

• Researcherʼs profile according to the

• European Councilʼs recommendations R2

• Laboratory: Laboratory of Structural and Functional Genomics

• Scientific discipline: Biology

• Cover letter including research plan.

• Current curriculum vitae.

• Copy of PhD certificate or a document confirming that the

• Candidate will obtain the PhD degree prior to the date of employment in the project.

• Contact details for two referees who can provide letters of recommendation.

• A list of scientific publications authored or -co-authored by the candidate.

• Please familiarize yourself with following documents:

• the Open, Transparent and Merit-Based Recruitment Policy at the University of Warsaw,

• Internal Reporting Procedure, results: specified in the Statutes of the University of Warsaw, and its positive result is the basis for further proceedings. Following an initial screening of the applications, selected candidates will be contacted by e-mail for further recruitment steps.

Zakres obowiązków

• Analiza surowych danych NGS, w tym HiChIP,

• ChIP-seq, CUT&RUN oraz IBLESS.

• Analiza danych Oxford Nanopore Technologies ONT, z uwzględnieniem profili metylacji i hydroksymetylacji

• DNA.

• Identyfikacja i charakterystyka różnic pomiędzy badanymi układami eksperymentalnymi w zakresie organizacji przestrzennej chromatyny, wiązania białek, modyfikacji DNA oraz występowania pęknięć dwuniciowych DNA DSB.

• Analiza statystyczna wyników oraz ocena istotności obserwowanych różnic.

• Integracja i analiza danych multiomicznych.

• Wizualizacja danych genomowych oraz przygotowywanie figur do publikacji i prezentacji.

• Charakterystyka stanów epigenetycznych oraz analiza ich związku z trójwymiarową organizacją genomu.

• Interpretacja wyników w kontekście biologicznym i mechanistycznym.

• Przygotowywanie manuskryptów naukowych i współudział w publikacji wyników badań.

• Udział w przygotowywaniu wniosków grantowych oraz innych dokumentów naukowych.

• Oferowane stanowisko nie będzie związane z działalnością objętą ochroną małoletnich.

• Profil kandydata/ wymagania:

• Do konkursu mogą przystąpić osoby, które spełniają warunki określone w:

• art. 113 Ustawy z dnia 20 lipca 2018 r. Prawo o szkolnictwie wyższym i nauce Dz. U. z 2024 r. poz. 1571. Z późn. zm.) i

• Statucie UW;

• art. 119 Statutu Uniwersytetu Warszawskiego;

• Regulaminie przyznawania środków na realizację zadań projektów badawczych, dla konkursu SONATA 21

• Podczas rozmowy kwalifikacyjnej kandydat przedstawia plan dalszej działalności badawczej i doświadczenie

Słowa kluczowe

• Genomika 3D

• HiC

• HiChIP

• epigenomika

• metylacja DNA

• ONT

• NGS

• 3D genomics

• Hi-C

• epigenomics

• DNA methylation

• Oxford Nanopore Technologies ONT

• next-generation sequencing NGS

• TET enzymes.